Nace en Barreda, en una familia con hondas raíces en la localidad. Desde muy pequeña muestra curiosidad intelectual y un temprano gusto por la lectura y la escritura, aunque ha de superar la dificultad de ser zurda en una escuela pensada para diestros, lo que no apaga su afán de aprender.

Tras cursar la enseñanza primaria en su localidad, ingresa en el Instituto Marqués de Santillana y realiza el bachiller en el colegio de las Mercedarias de Santander. Aunque en un principio se inclina por la Enfermería, finalmente estudia Magisterio en el colegio de los Sagrados Corazones de Torrelavega. Con el tiempo descubre su verdadera vocación docente y obtiene tanto el título de «Magisterio de la Iglesia» como el oficial del Estado, con un brillante examen final en Valladolid.

Su formación se amplía con estancias en Francia, primero en París y después en Tours, donde perfecciona el idioma en la Universidad para Extranjeros y vive en una residencia regida por religiosas mercedarias. Esa experiencia consolida su relación con la cultura francesa y le abre las puertas a la docencia de la lengua, que ejerce en sus primeros años de actividad profesional.

Tras un tiempo en San Sebastián y en diversas escuelas rurales del País Vasco, regresa a Cantabria para incorporarse al colegio José María de Pereda de Torrelavega, donde desarrolla la mayor parte de su trayectoria docente. Desde allí impulsa una enseñanza cercana y participativa, en la que los contenidos académicos se complementan con la creatividad artística.

De manera paralela, cultiva la escritura poética desde niña, con textos que más tarde recoge en la colección Pétalos de mariposa. En su etapa docente convierte las fiestas navideñas del colegio en auténticos acontecimientos culturales: cada curso prepara una obra teatral en la que todos los alumnos participan, ya sea como actores o en la escenografía. Ante la falta de textos adecuados, empieza a escribirlos ella misma y crea un repertorio de piezas teatrales infantiles entre las que destacan La Razón y la Locura, Noche de Navidad, ¿Es usted un loco? o Una bruja desescobada. Parte de estas obras han sido editadas por la Comisión de Cultura del Ayuntamiento de Torrelavega, lo que contribuye a dar visibilidad a su trabajo.

Su pasión por el teatro se remonta a su paso por el colegio de las Mercedarias, donde participa en representaciones de Tirso de Molina y recita largos poemas en visitas oficiales. Esa inclinación se refleja hoy en una abundante producción de teatro escolar y en la continuidad de su afición por la escritura teatral, concebida siempre con un fin educativo y creativo.

En el ámbito poético, además de Pétalos de mariposa, orientado a la infancia y a la evolución del aprendizaje literario, publica Como el arco iris, recopilación que reúne versos de distintas etapas de su vida y que, como ella misma señala, forman un arco vital entre los más antiguos y los más recientes.

Actualmente, M.ª Encarnación Aguilera mantiene vivo su compromiso con la literatura y con la cultura, conjugando su vocación pedagógica con la expresión artística y dejando una huella reconocida en la vida cultural de Torrelavega.