Jesús Aguirre Ortiz de Zárate nació en Madrid el 9 de junio de 1934 aunque pronto se instalaría en Santander, donde cursó los estudios primarios y el bachillerato con los hermanos de La Salle. Fue en la capital cántabra donde entró en contacto con el mundo de la cultura a través del grupo Proel, con quienes descubrió la poesía, quedando impresionado con los autores de la Generación del 27. Continuó su formación en el seminario de Comillas y posteriormente se trasladó a Múnich (Alemania), donde se doctoró en Teología y Filosofía. En Alemania tomó contacto con varios intelectuales y se convirtió en seguidor de la denominada Escuela de Fráncfort. Ordenado sacerdote y miembro de la congregación de los jesuitas, regresó a España en 1962 dedicándose a las labores pastorales en la iglesia de la Ciudad Universitaria de Madrid y manteniendo una relación importante con José Luis Aranguren, a quien consideró como uno de sus maestros. Tomó parte en el diálogo ecuménico entre cristianos y marxistas. Se secularizó en 1969 y fue nombrado director de la editorial Taurus. También fue Director General de Música y Danza, dependiente del Ministerio de Cultura del gobierno presidido por Adolfo Suárez.
En 1978 se casó con la Duquesa de Alba, doña Cayetana Fitz-James Stuart, y desde entonces fue el encargado de ordenar y gestionar el patrimonio del Ducado, tarea que compartió con Carlos Martínez de Irujo, Duque de Huéscar y heredero del título de Duque de Alba. Jesús Aguirre realizó constantes trabajos de archivo histórico relacionados con la Casa de Alba, pronunció numerosas conferencias de contenido cultural e histórico y formó parte de jurados como el del Premio Príncipe de Asturias de Comunicación y Humanidades o el del Premio Periodístico Parlamento Europeo. Colaboró con Aranguren, Sacristán y otros autores en la obra Cristianos y marxistas: los problemas de un diálogo (1969). Son muy conocidos sus Estudios sobre Walter Benjamin (1981) y es autor de otras muchas obras como Sermones en España (1971), Casi ayer noche (1985), Altas oportunidades (1987), Secreto a voces (1987), consistente en una serie de poemas dedicados a su esposa Cayetana de Alba, Poemas de Arbaisenea (1988), Memorias del cumplimiento. T4. Crónica de una Dirección General (1988), Las horas situadas (1989) y Crónica en la Comisaría (1993).
Cabe destacar que Jesús Aguirre presidió durante diez años la Asociación Española de Amigos de las Hemerotecas, se le concedió la Gran Cruz de la Orden Civil de Alfonso X El Sabio y que desde 1986 ocupó el sillón “F“ de la Real Academia Española de la Lengua. También fue presidente de la Fundación Jiménez Díaz y comisario de la Exposición Universal de 1992.